Activity FY2025

Papers, Talks, and Posters

FY2025

• 1. （受賞）和歌山商工会議所WAKASA学生（大学院生）成果発表会で森山さんが優秀賞を受賞しました。

  2. （国際学会・ポスター）"AN AI-BASED ALL-ATOM NONLINEAR MORPHING METHOD (MOVE-DM VER.3.0) FOR BIOMOLECULAR STRUCTURAL CHANGES USING MD SIMULATION DATA", Naoyuki Miyashita* and Yoshihiro Kashiyama, 70th Biophysical Society Annual Meeting (BPS2026), 22-25th Feb. 2025, San Francisco, USA 

  3. （論文）"A minimal RNA-cleaving DNAzyme and its catalytic mechanism", Kazuhiko Yamasaki , Rika Inomata , Tomoko Yamasaki , Tomomi Kubota , Naoyuki Miyashita , Koh Takeuchi , Makoto Miyagishi, Nucleic Acids Research, 54 (2), gkaf1502,  27 Jan. 2026, https://doi.org/10.1093/nar/gkaf1502
     広報でも報告されました。https://www.kindai.ac.jp/bost/news/topics/2026/01/049108.html

  4. （国際学会・招待・口頭）"Open-Close Dynamics at the Ligand Entrance of Membrane-Bound MAO-B Dimer Revealed by Molecular Dynamics Simulations and Deep Neural Networks (MOVE-DM)", Naoyuki Miyashita, PACIFICHEM2025, 15-20th Dec. 2025, Honolulu Hawaii USA.

  5. 　（受賞）分子シミュレーション学会で樫山さんが学生優秀発表賞を受賞しました。広報にも発表されました。
     https://www.kindai.ac.jp/bost/news/topics/2026/01/049107.html

  6. （学会発表・ポスター）”生体分子構造変化マルチモーダルAIモーフィング法（MOVE-DM ver.3.0）の開発とアデニル酸キナーゼのOpen-Close間の２つの構造変化経路仮説の比較と検討” ,樫山佳広, 宮下尚之*, 第39回分子シミュレーション討論会, 11.24-26(2025), くにびきメッセ(松江市)

  7. （学会発表・ポスター）”新規抗凝固剤 AFS ウォーヘッド結合型共 有結合性アプタマー TBA4, TBA7, TBA9 の thrombin に対するアミノ酸との共有結合の違い” ,三科 柾, 阿戸菜乃佳, 瀧真清, Jay Yang, 宮下尚之*, 第39回分子シミュレーション討論会, 11.24-26(2025), くにびきメッセ(松江市)

  8. （学会発表・ポスター）”Dynamics and Interaction of the Novel Anticoagulant AFS Warhead-Endowed Covalent Aptamer TBA4 with Thrombin, a Key Target in Blood Coagulation” ,三科 柾, 阿戸菜乃佳, 藤本凌, 瀧真清, Jay Yang, 宮下尚之*, CBI学会2025年大会, 10.27-30(2025), タワーホール船堀（東京都）

  9. （学会発表・ポスター）”Molecular dynamics simulation study of PET Tracer PBB3 and TMEM Fibril interactions” ,松本七海, 田所良崇, 宮下尚之*, CBI学会2025年大会, 10.27-30(2025), タワーホール船堀（東京都）

  10. （学会発表/招待・口頭）シンポジウム　"Al-based Morphing of Protein Structural Changes and Transformer-based Analysis of Conformational Dynamics", Naoyuki Miyashita, Yoshihiro Kashiyama, Rin Hirasawa, Shota Shimogochi, Yuma Shiota, Ryota Kiyooka, 第63回日本生物物理学会年会, 9.24-26(2025), 奈良県コンベンションセンター (奈良市)

  11. （学会発表・ポスター）”Molecular dynamics simulation study of the differences in dynamics before and after DNA cleavage in CRISPR Type I-C”  ,春名竜征, 樫山佳広, 清岡亮太, 下河内翔太, 宮下尚之*, 第63回日本生物物理学会年会, 9.24-26(2025), 奈良県コンベンションセンター (奈良市)

  12. （学会発表・ポスター）”Development of a Protein Structural Change Morphing method with All Side-Chain Consideration using an AI-based approach: MOVE-DM 3.0 ”  ,樫山佳広, 下河内翔太, 塩田優真, 清岡亮太, 岩野和哉, 宮下尚之*, 第63回日本生物物理学会年会, 9.24-26(2025), 奈良県コンベンションセンター (奈良市)

  13. （学会発表・ポスター）”Permeation Mechanism of Plasma, O2 and CO2 in ECMO Hollow Fiber Membrane model Using CG MD Simulation Considering Protein Shape.”  ,芝﨑亮汰, 福田誠, 宮下尚之*, 第63回日本生物物理学会年会, 9.24-26(2025), 奈良県コンベンションセンター (奈良市)

  14. （学会発表・ポスター）”Binding and Stability of PET Tracer PBB3 with TMEM Fibrils using molecular simulations” ,松本七海, 田所良崇, 宮下尚之*, 第63回日本生物物理学会年会, 9.24-26(2025), 奈良県コンベンションセンター (奈良市)

  15. （学会発表・口頭）”DNNとMDに基づく新規非線形モーフィング法MOVE-DMを用いたCRISPR Type I-E/Cas3とDNAとの相互作用とダイナミクスの解析 ”  ,春名竜征, 樫山佳広, 山口知洋, 宮下尚之*, 第80回日本物理学会, 9.16-19(2025), 広島大学東広島キャンパス (東広島市)

  16. （学会発表・口頭）”タンパク質の構造変化過程を記述するためのマルチモーダルAIを用いた非線形モーフィング法の開発と応用”  ,樫山佳広, 下河内翔太, 塩田優真, 宮下尚之*, 第80回日本物理学会, 9.16-19(2025), 広島大学東広島キャンパス (東広島市)

  17. （学会発表・口頭）”粗視化分子動力学シミュレーションを用いたECMO中空糸膜モデル中の血漿に含まれるモデルタンパク質と酸素・二酸化炭素の浸透機構 ”  ,芝﨑亮汰, 福田誠, 宮下尚之*, 第80回日本物理学会, 9.16-19(2025), 広島大学東広島キャンパス (東広島市)

  18. （学会発表・ポスター）”Transformerとt-SNEを用いたタンパク質構造変化における重要なアミノ酸と動態を特定するための時系列解析手法の開発：DeKE-MD ver.2.0 ”  ,平澤理音, 樫山佳広, 下河内翔太, 塩田優真, 宮下尚之*, 第80回日本物理学会, 9.16-19(2025), 広島大学東広島キャンパス (東広島市)

  19. （学会発表・ポスター）”分子動力学シミュレーションを用いた糖修飾アミノ酸のTMEM線維のゆらぎへの影響” ,松本七海, 田所良崇, 宮下尚之*, 第25回蛋白質科学会,6.18-20(2025), アクリエひめじ (姫路市)

  20. （学会発表・ポスター）”粗視化分子動力学シミュレーションを用いたECMO中空糸膜を介した血液中二酸化炭素・酸素交換メカニズム” ,芝﨑亮汰, 福田誠, 宮下尚之*, 第25回蛋白質科学会,6.18-20(2025), アクリエひめじ (姫路市)

  21. （学会発表・ポスター）”側鎖の構造変化も考慮した蛋白質の構造変化のための非線形モーフィング法の開発” ,樫山佳広, 下河内翔太, 塩田優真, 岩野和哉, 宮下尚之*, 第25回蛋白質科学会,6.18-20(2025), アクリエひめじ (姫路市)

  22. （学会発表・ポスター）”深層学習とMDに基づく新規非線形モーフィング法MOVE-DMを用いたCRISPR Type I-E/Cas3のDNA切断メカニズム” ,春名竜征, 樫山佳広, 清岡亮太,下河内翔太,山口知洋,宮下尚之*,日本ゲノム編集学会第11回大会,6.16-18(2025), 東京科学大学 蔵前会館 (東京都)

  23. （国内発表・ポスター）『タイトル』, 著者全員, 学会名, 日付, 場所