Activity FY2019
FY2019
（受賞）近畿大学大学院部長賞 受賞 松倉 里紗, 3/18/2020
（受賞）近畿大学大学院校友会長賞 受賞 古江 祐也, 3/18/2020
（学会発表）『ドッキングシミュレーションを用いたHSP90と中分子薬の結合機構』, ◯松倉里紗，望月和人，宮下尚之*，瀧真清，渡辺信一, 第75回日本物理学会（２０２０年）年次大会, 名古屋大学（名古屋）WEB開催, 3/16-19, 2020
（学会発表）「μ秒の分子動力学シミュレーションを用いたCRISPR Cas3のDNAとの相互作用機構解析」, ◯山口知洋,宮下尚之*, 第75回日本物理学会（２０２０年）年次大会, 名古屋大学（名古屋）WEB開催, 3/16-19, 2020
（学会発表）「アルツハイマー病初期過程におけるβ切断酵素とAPPの相互作用機構」, ◯Kaori Yanagino, Chika Minami, Naoyuki Miyashita*, 第75回日本物理学会（２０２０年）年次大会, 名古屋大学（名古屋）WEB開催, 3/16-19, 2020
（学会発表）『粗視化モデルシミュレーションを用いたチロシンキナーゼの膜貫通部位のラフト中の二量体形成』, ◯井本誓龍，南知香，柳野賀緒梨，松倉里紗，宮下尚之*, 第75回日本物理学会（２０２０年）年次大会, 名古屋大学（名古屋）WEB開催, 3/16-19, 2020
（学会発表）『学習データの自動選択法を取り入れたDeep Learningによる水溶液中タンパク質のホモロジーモデリング手法の開発』, ◯古江 祐也，松倉里紗，大多和克紀, 宮下尚之*, 第75回日本物理学会（２０２０年）年次大会, 名古屋大学（名古屋）WEB開催, 3/16-19, 2020
（学会発表）『MAO-Bの長時間分子動力学シミュレーションによる薬剤結合部位の動力学解析』, ◯大多和克紀，松倉里紗，田中良奈，柳野賀緒梨，宮下尚之*，木村裕一，古本祥三, 第75回日本物理学会（２０２０年）年次大会, 名古屋大学（名古屋）WEB開催, 3/16-19, 2020
（学会発表）『Deep Learningを用いたタンパク質欠損部位構造モデリングソフトウエアの開発』, ◯高見拓磨，古江祐也，土井直哉，宮下尚之*, 第75回日本物理学会（２０２０年）年次大会, 名古屋大学（名古屋）WEB開催, 3/16-19, 2020
（国際学会発表）「BINDING MECHANISM OF ANTI-CANCER TARGET HSP90 AND PEPTIDE DRUG」,◯Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita*, 64th Annual Meeting of the Biophysical Society, San Diego Convention Center San Diego, California, USA, February 15-19, 2020
(アウトリーチ活動) 松倉里紗さんの紹介が記事に掲載されました。濱口真慈, 『音楽の道を夢見た少女が、研究者として小さな分子の動きを表現する（あなたがあるく一歩さき）』, someone[サムワン], vol.49, 19, 2019
（招待講演）「コンピュータを使った創薬」, ◯松倉里紗, 『描け！掴め！君の未来の研究者像！ 〜のぞいてみよう大学のラボ〜』サイエンスキャッスル2019関西大会, 株式会社リバネス, 大阪明星学園明星中学校・明星高等学校（大阪市）, 12/22, 2019
（アウトリーチ活動・ポスター審査員）, 松倉里紗, 『中高生のための学会』サイエンスキャッスル2019関西大会, 株式会社リバネス, 大阪明星学園明星中学校・明星高等学校（大阪市）, 12/22, 2019
（学会発表）「Deep learning を用いたタンパク質欠損部位モデリングの試み」,◯高見 拓磨，古江祐也, 山口知洋, 宮下尚之*, 第33回分子シミュレーション討論会, 名古屋市公会堂（名古屋）, 12/9-11, 2019
（学会発表）「CRISPR Cas3のDNAとの相互作用機構」,◯山口知洋, 宮下尚之*, 第33回分子シミュレーション討論会, 名古屋市公会堂（名古屋）, 12/9-11, 2019
（学会発表）「アルツハイマー病初期分子機構に関係するβ切断酵素の膜貫通部位の構造予測トラフトとの相互作用」,◯柳野賀緒梨, 古江祐也, 宮下尚之*, 第33回分子シミュレーション討論会, 名古屋市公会堂（名古屋）, 12/9-11, 2019
（学会発表）「力学的安定性の高いモデル構造を生成するためのDeep Learning を用いたホモロジーモデリング」,◯古江祐也, 松倉 里紗, 宮下尚之*, 第33回分子シミュレーション討論会, 名古屋市公会堂（名古屋）, 12/9-11, 2019
（学会発表）「新規ペプチド薬のHSP90との結合機構・機能阻害メカニズム」,◯松倉 里紗, 望月和人, 宮下尚之*, 瀧真清, 渡辺信一, 第33回分子シミュレーション討論会, 名古屋市公会堂（名古屋）, 12/9-11, 2019
（学会発表）「HSP90の分子動力学シミュレーションと新規中分子薬による機能阻害機構」,◯Lisa Matsukura, Kazuto Mochizuki, Naoyuki Miyashita*, Masumi Taki, Shinichi Watanabe, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡(福岡), 12/3-12/6, 2019
（学会発表）「α切断酵素とβ切断酵素の膜貫通部位の構造予測とラフト環境との相互作用」,◯Kaori Yanagino, Naoyuki Miyashita*, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡(福岡), 2019年12月3-6日
（国際学会発表）「MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION STUDY FOR THE DIFFERENCES BETWEEN THE DYNAMICS OF CRISPR CAS3 WITH AND WITHOUT SHORT SINGLE-STRAND DNA」, ◯Tomohiro Yamaguchi, Naoyuki Miyashita*, Frontiers in Genome Engineering 2019, Kobe, Japan, 11/25-27, 2019
（広報） 松倉さんの『国際会議ICMS2019 The Best Poster Award』受賞の件が生物理工学部の広報に載りました。https://www.kindai.ac.jp/bost/news/topics/2019/11/018529.html
（受賞）『国際会議ICMS2019 The Best Poster Award』受賞：Lisa Matsukura, 「The Stability of a Stapled Peptide Drug and the Inhibition Mechanism of HSP90 Function using Long-time Molecular Dynamics Simulations」,◯Lisa Matsukura, Kazuto Mochizuki, Naoyuki Miyashita*, Masumi Taki, Shinichi Watanabe, The 5th International Conference on Molecular Simulation, Lotte Hotel Jeju (Korea), 11/3 - 11/6, 2019
（国際学会発表）「Molecular Dynamics Simulations of CRISPR Type I-E System and the DNA binding Mechanisms」,◯Naoyuki Miyashita*, Tomohiro Yamaguchi, Lisa Matsukura, Masaya Furue, The 5th International Conference on Molecular Simulation, Lotte Hotel Jeju (Korea), 11/3 - 11/6, 2019
（国際学会発表）「The Stability of a Stapled Peptide Drug and the Inhibition Mechanism of HSP90 Function using Long-time Molecular Dynamics Simulations」,◯Lisa Matsukura, Kazuto Mochizuki, Naoyuki Miyashita*, Masumi Taki, Shinichi Watanabe, The 5th International Conference on Molecular Simulation, Lotte Hotel Jeju (Korea), 11/3 - 11/6, 2019
（学会発表）「Homology Modeling of the Protein Structure in the Solution using Deep Auto Encoder and Trajectories of the Long-time Molecular Dynamics Simulation of Template Proteins」,◯Masaya Furue, Lisa Matsukura, Mitsutaka Nemoto, Naoyuki Miyashita, CBI学会2019年大会, タワーホール船堀(東京), 10/22-10/24, 2019
（学会発表）「The inhibition mechanism of HSP90 function by a medium molecular drug」,◯Lisa Matsukura, Kazuto Mochizuki, Naoyuki Miyashita*, Masumi Taki, Shinichi Watanabe, CBI学会2019年大会, タワーホール船堀(東京), 2019年10月22-24日
（国際シンポジウム発表）「Molecular dynamics simulation of the biomolecules that related to the future biomedicine」,◯Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita*, 11th symposium on Discovery, Fusion, Creation of New Knowledge by Multidisciplinary Computational Sciences, CCS International Symposium 2019, International Congress Center EPOCHAL TSUKUBA (Tsukuba), Oct. 15, 2019
（論文）「Structural and functional basis for LILRB immune checkpoint receptor recognition of HLA-G isoforms」, Kimiko Kuroki, Haruki Matsubara, Ryo Kanda, Naoyuki Miyashita, Mitsunori Shiroishi, Yuko Fukunaga, Jun Kamishikiryo, Atsushi Fukunaga, Hideo Fukuhara, Kaoru Hirose, Joan S. Hunt, Yuji Sugita, Shunsuke Kita, Toyoyuki Ose, Katsumi Maenaka, Journal of Immunology, ji1900562 (2019); DOI: https://doi.org/10.4049/jimmunol.1900562
（受賞）「近畿大学大学院サイエンスネットワーク2019第9回院生サミット優秀発表賞」受賞：柳野賀緒梨, p48「アルツハイマー病関連タンパク質であるβ切断酵素の構造予測と生体膜での相互作用」, ◯柳野賀緒梨, 宮下尚之*, 2019年10月5日
（学内発表）(招待講演) s5−4「新しい薬剤が切り開く健康への道〜スーパーコンピュータを使った新しい薬剤設計に向けて〜」, ◯松倉里紗, 望月和人, 宮下尚之*, 瀧真清, 渡辺信一, シンポジウムS5『科学と持続可能な社会〜SDGsの観点から〜』, 近畿大学大学院サイエンスネットワーク2019第9回院生サミット, 近畿大学東大阪キャンパス（東大阪）, 2019年10月5日
（学内発表）P45「抗がん薬標的HSP90と新規中分子薬との結合機構の解明」, ◯松倉里紗, 望月和人, 宮下尚之*, 瀧真清, 渡辺信一, 近畿大学大学院サイエンスネットワーク2019第9回院生サミット, 近畿大学東大阪キャンパス（東大阪）, 2019年10月5日
（学内発表）P46「Deep Learningを用いたタンパク質ホモロジーモデリングソフトウエアの開発」, ◯古江祐也, 根本充貴, 宮下尚之*, 近畿大学大学院サイエンスネットワーク2019第9回院生サミット, 近畿大学東大阪キャンパス（東大阪）, 2019年10月5日
（学内発表）P47「CRISPR Cas3とCse1複合体の分子動力学シミュレーション」, ◯山口知洋, 竹友唯, 宮下尚之*, 近畿大学大学院サイエンスネットワーク2019第9回院生サミット, 近畿大学東大阪キャンパス（東大阪）, 2019年10月5日
（学内発表）P48「アルツハイマー病関連タンパク質であるβ切断酵素の構造予測と生体膜での相互作用」, ◯柳野賀緒梨, 宮下尚之*, 近畿大学大学院サイエンスネットワーク2019第9回院生サミット, 近畿大学東大阪キャンパス（東大阪）, 2019年10月5日
（学会発表）「Molecular dynamics simulations of CRISPR Cas3 and Cse1 complex」,◯Tomohiro Yamaguchi, Yui Taketomo, Naoyuki Miyashita*, 第57回日本生物物理学会年会, シーガイアコンベンションセンター(宮崎), 2019年9月
（学会発表）「Development of Deep-Autoencoder based Homology Modeling software」,◯Masaya Furue, Mitsutaka Nemoto, Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita*, 第57回日本生物物理学会年会, シーガイアコンベンションセンター(宮崎), 2019年9月
（学会発表）「Influence on the structure and dynamics of Riboswitch “SPINACH” and potassium ions by DFHBI」,◯Lisa Matsukura, Nobutaka Onishi, Masaya Furue, Naoyuki Miyashita*, Takuma Shiraki, Yasushige Yonezawa, 第57回日本生物物理学会年会, シーガイアコンベンションセンター(宮崎), 2019年9月
（学会発表）「Interaction between amyloid precursor protein and beta-secretase in the bio-membrane」,◯Kaori Yanagino, Naoyuki Miyashita*, 第57回日本生物物理学会年会, シーガイアコンベンションセンター(宮崎), 2019年9月
（学会発表）「CRISPR Cas3の分子ダイナミクス」,◯山口知洋, 竹友唯, 宮下尚之*, 日本物理学会2019年秋季物理学会, 岐阜大学 (岐阜), 2019年9月
（学会発表）「mDeepHoMe : Deep Learningを用いた水和環境下のターゲットタンパク質のホモロジーモデリング」,◯古江 祐也, 根本 充貴, 宮下 尚之*, 日本物理学会2019年秋季物理学会, 岐阜大学 (岐阜), 2019年9月
（学会発表）「アルツハイマー病関連タンパク質であるβ切断酵素の膜貫通部位とラフトとの相互作用」, ◯柳野 賀緒梨, 宮下 尚之*, 日本物理学会2019年秋季物理学会, 岐阜大学 (岐阜), 2019年9月
（アウトリーチ活動）近畿大学オープンキャンパス（東大阪）BOSTワールド出展・ボランティア, 平成３２年度近畿大学オープンキャンパス, 近畿大学東大阪キャンパス（東大阪市）, 2019年9月22日 (スタッフ：松倉、古江、山口、高見、土井、鈴木、久保、入梅、福田、南、松本、植田、小山内、清岡)
（アウトリーチ活動）近畿大学生物理工学部オープンキャンパス（和歌山）・子ども科学担当・ボランティア, 平成３２年度近畿大学生物理工学部オープンキャンパス, 近畿大学和歌山キャンパス（和歌山）,（ラボスタッフ：宮下・松倉・柳野・久保・高見・土井・清宮・福田、その他）, 2019年7月28日
（アウトリーチ活動）ラボ公開・ボランティア 近畿大学附属新宮高等学校見学会, 近畿大学和歌山キャンパス（和歌山）, （スタッフ：宮下・井本・大多和・坂本）, 2019年7月20日
（アウトリーチ活動）ラボ公開, AOラボ見学会, 近畿大学和歌山キャンパス（和歌山）, 2019年7月20日 （スタッフ：宮下）, 2019年6月28日
（学会発表）「Structure Prediction of Transmembrane domain of beta-secretase」, ◯Kaori Yanagino, Naoyuki Miyashita*, 第19回 日本蛋白質科学会年会, 神戸国際会議場（神戸）, 2019年6月24-26日
（学会発表）「Molecular Dynamics Simulation of CRISPR Cas3」○Tomohiro Yamaguchi, Yui Takatomo, Naoyuki Miyashita*, 第19回 日本蛋白質科学会年会, 神戸国際会議場（神戸）, 2019年6月24-26日
（学会発表）「Mechanism of the interaction between Hsp90 and the medium molecule drug, and the docking simulation」○Lisa Matsukura, Kazuto Mochizuki, Masaya Furue, Masumi Taki, Naoyuki Miyashita*, Shinichi Watanabe, 第19回 日本蛋白質科学会年会, 神戸国際会議場（神戸）, 2019年6月24-26日
（学会発表）「Development of Homology modeling program using Deep Learning」○Masaya Furue,Lisa Matsukura, Mitsutaka Nemoto, Naoyuki Miyashita*, 第19回 日本蛋白質科学会年会, 神戸国際会議場（神戸）, 2019年6月24-26日
（学会発表）「Dynamics of CRISPR Cas System」○Naoyuki Miyashita*, Yui Taketomo, Tomohiro Yamaguchi, Lisa Matsukura, Ryo Ohashi, 第19回 日本蛋白質科学会年会, 神戸国際会議場（神戸）, 2019年6月24-26日
（学会発表）「中分子薬剤とHsp90との相互作用」 ○松倉里紗, 望月和人, 古江祐也, 宮下尚之*, 瀧真清, 渡辺信一, 第22回理論化学討論会, 北海道大学(学術交流会館)・札幌市, 2019年5月27-29
（セミナー招待講演）『アルツハイマー病の初期分子機構と分子シミュレーション』宮下尚之, 東京薬科大学生命科学部理論系合同セミナー, 東京薬科大学 (東京都), 2019年5月24日
（広報） 松倉さんと古江さんの日本物理学会学生優秀発表賞受賞の件が生物理工学部の広報に載りました。https://www.kindai.ac.jp/bost/news/topics/2019/05/016691.html
（受賞）「第７４回年次大会（２０１９年度）日本物理学会学生優秀発表賞（Student Presentation Award of the Physical Society of Japan）」受賞: 松倉里紗, 15aG215-13『長時間MDシミュレーションを用いたHsp90と中分子薬の結合機構の提案』○松倉里紗, 望月和人, 古江祐也, 宮下尚之*, 瀧真清, 渡辺信一, 2019年5月15日公開
（受賞）「第７４回年次大会（２０１９年度）日本物理学会学生優秀発表賞（Student Presentation Award of the Physical Society of Japan）」受賞: 古江祐也,15aG215-3『分子動力学に基づいた深層学習による新規ホモロジーモデリングプログラムの開発』○古江祐也, 根本充貴, 宮下尚之*, 2019年5月15日公開