FY2017-2020 科研費基盤研究(C)の成果

17K00421 分子シミュレーションによるアルツハイマー病初期分子機構への生体膜環境の影響解析

文部科学省: 科学研究費補助金(基盤研究(C))

研究期間: 2017年 - 2020年 (コロナの為１年延長) 代表者: 宮下 尚之

KAKEN

4,550千円 (直接経費 : 3,500千円、間接経費 : 1,050千円)

2019年度 : 780千円 (直接経費 : 600千円、間接経費 : 180千円)

2018年度 : 650千円 (直接経費 : 500千円、間接経費 : 150千円)

2017年度 : 3,120千円 (直接経費 : 2,400千円、間接経費 : 720千円)

Publications and Presentation

  1. （学会発表）「生体膜中におけるAPPとα-/β-切断酵素との相互作用機構」, 柳野賀緒梨，大多和克紀，松倉里紗，○宮下尚之，日本物理学会第76回年次大会(2021年), オンライン開催, 3/12-15, 2021

  2. （招待公演）『分子シミュレーションで見るアルツハイマー病初期過程で働く膜タンパク質と脂質分子との相互作用』, ○宮下尚之, 蛋白質研究所セミナー『生体膜上の生物化学 ー解析法の進展から細胞内オルガネラのバイオロジーまでー』, オンライン開催, 3/4-5, 2021

  3. （国際学会発表）『STRUCTURE PREDICTION OF THE TRANSMEMBRANE REGION OF ALPHA- AND BETA- SECRETASES USING REPLICA-EXCHANGE MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS, AND THE INTERACTION BETWEEN AMYLOID PRECURSOR PROTEIN AND THEM』, ◯Kaori Yanagino，Naoyuki Miyashita*，65th Biophysical Society Annual Meeting BPS2021，オンライン開催，2/22-26，2021

  4. （学会発表）『α切断酵素とβ切断酵素の膜貫通部位の構造予測とそのダイナミクス』, ◯柳野賀緒梨，宮下尚之*，第34回分子シミュレーション討論会，オンライン開催，12/15，2020

  5. （学会発表）『α切断酵素の膜貫通部位の構造予測とAPPの膜貫通部位との相互作用』, ◯柳野賀緒梨，宮下尚之*，第43回日本分子生物学会年会，オンライン開催，12/2-4，2020

  6. （学会発表）『Interaction Between beta-Secretase and APP in The Biological Membrane, and The Structure Prediction of The TM domain of alpha-Secretase. 』, ◯Kaori Yanagino，Naoyuki Miyashita*，第58回日本生物物理学会年会, オンライン開催, 9/16-18, 2020

  7. （学会発表）『β切断酵素とAPPの膜貫通部位の相互作用インターフェース』, ◯柳野賀緒梨，宮下尚之*，日本物理学会2020年秋季大会，オンライン開催，9/8-11,2020

  8. （学会発表）『Structure Prediction of the transmembrane domain of alpha- and beta-secretases and the structural differences』， ◯Kaori Yanagino，Naoyuki Miyashita*，第20回日本蛋白質科学会年会，SORA札幌コンベンションセンター（北海道），7/6-10, 2020

  9. （学会発表）『コンピュータシミュレーションを用いたアルツハイマー病の初期分子機構にかかわるβ切断酵素のダイナミクス』, ◯柳野賀緒梨，宮下尚之*，第9回超異分野本大会，WEB開催，4/23,2020

  10. （学会発表）「アルツハイマー病初期過程におけるβ切断酵素とAPPの相互作用機構」, ◯柳野賀緒梨，南知香，宮下尚之*, 第75回日本物理学会（２０２０年）年次大会, 名古屋大学（名古屋）WEB開催, 3/16-19, 2020

  11. （学会発表）「アルツハイマー病初期分子機構に関係するβ切断酵素の膜貫通部位の構造予測トラフトとの相互作用」,◯柳野賀緒梨, 古江祐也, 宮下尚之*, 第33回分子シミュレーション討論会, 名古屋市公会堂（名古屋）, 12/9-11, 2019

  12. （学会発表）「α切断酵素とβ切断酵素の膜貫通部位の構造予測とラフト環境との相互作用」,◯Kaori Yanagino, Naoyuki Miyashita*, 第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡(福岡), 2019年12月3-6日

  13. （学内発表）P48「アルツハイマー病関連タンパク質であるβ切断酵素の構造予測と生体膜での相互作用」, ◯柳野賀緒梨, 宮下尚之*, 近畿大学大学院サイエンスネットワーク2019第9回院生サミット, 近畿大学東大阪キャンパス（東大阪）, 2019年10月5日

  14. （学会発表）「Interaction between amyloid precursor protein and beta-secretase in the bio-membrane」,◯Kaori Yanagino, Naoyuki Miyashita*, 第57回日本生物物理学会年会, シーガイアコンベンションセンター(宮崎), 2019年9月

  15. （学会発表）「アルツハイマー病関連タンパク質であるβ切断酵素の膜貫通部位とラフトとの相互作用」, ◯柳野 賀緒梨, 宮下 尚之*, 日本物理学会2019年秋季物理学会, 岐阜大学 (岐阜), 2019年9月

  16. （学会発表）「Structure Prediction of Transmembrane domain of beta-secretase」, ◯Kaori Yanagino, Naoyuki Miyashita*, 第19回 日本蛋白質科学会年会, 神戸国際会議場（神戸）, 2019年6月24-26日

  17. （セミナー招待講演）『アルツハイマー病の初期分子機構と分子シミュレーション』宮下尚之, 東京薬科大学生命科学部理論系合同セミナー, 東京薬科大学 (東京都), 2019年5月24日

  18. （学会発表）『β切断酵素の膜貫通部位の構造予測と生体膜中でのダイナミクス』, ○柳野賀緒梨, 高橋良太, 古江祐也, 宮下尚之*, 日本物理学会第７４回年次大会、九州大学（福岡市）, 2019年3月17日

  19. （講演）『近畿大学生物理工学部電算機センターHPCとアルツハイマー病初期過程の分子機構』, 宮下尚之, 第４回 近畿大学 認知症 Core 研究(DoIK)シンポジウムー認知症克服に向けた工学的アプローチ; How Engineering Approaches Fight against Dementiaー, 近畿大学東大阪キャンパス BLOSSOM CAFE 3F ルーム A, 近畿大学（東大阪）, 2019年3月2日

  20. （招待講演）『アルツハイマー病の初期機構に関わる生体分子の形と動きを分子シミュレーションで見る』, ○宮下尚之, FS-06フォーカストセッション 「計算科学と構造生物学による神経変性疾患克服への挑戦」, CBI学会2018年大会, タワーホール船堀（東京都）, 2018年10月9日

  21. （特別講義）『スーパーコンピュータは顕微鏡 --アルツハイマー病の分子機構解明に挑む--』, 宮下尚之, 東北大学分子イメージング教育コース特別講義, 東北大学（仙台市）, 2018年6月11日

  22. （発表）『機械学習を用いたテンプレートベースのタンパク質構造モデリング』◯古江祐也、宮下尚之*, 物理学会第７３回年次大会, 東京理科大学野田キャンパス（千葉県野田市）, 2018年3月22-25日

  23. （発表）『イオンの結合によるリボスイッチSPINACHの分子ダイナミクスへの影響』◯大西庸嵩、古江祐也、宮下尚之*、白木琢磨、米澤康滋, 物理学会第７３回年次大会, 東京理科大学野田キャンパス（千葉県野田市）, 2018年3月22-25日

  24. （研究会オーガナイザー）シンポジウム『HPCシステムを使った生命科学 ― 分子スケールから細胞に向けて ―』第１回近畿大学生物理工学部HPCシンポジウム, （オーガナイザー：宮下尚之, 木村裕一）, 近畿大学生物理工学部（紀の川市）, 2018年3月13日（サポート：高橋良太, 古江祐也, 大橋燎, 松倉里紗, 山口知洋）

  25. （研究会オーガナイザー）セミナー（発表者：松永 康佑[理研AICS,さきがけ]「ストリング法による多剤排出トランスポーターAcrBの機能ダイナミクス解析」）, 先端技術総合研究所 高圧力蛋白質研究センターセミナー（第1回）, 近畿大学生物理工学部（紀の川市）, (オーガナイザー：米澤康滋, 宮下尚之), 2018年1月22日

  26. （アウトリーチ活動）推薦合格者入学前ガイダンス「研究室公開」, 大橋燎, 松倉里紗, 山口知洋, 柳野賀緒梨, 宮下尚之 2018年1月21日

  27. （研究会オーガナイザー）セミナー（発表者：古江祐也（非公開）, 原田隆平[筑波大]（公開）） 第３回近電セミナー（物理工学談話会協賛、化学生命系セミナー協賛）, （オーガナイザー：宮下尚之, 渡辺信一[電通大], 瀧真清[電通大]）, 電気通信大学（調布市）2017年12月13日

  28. （発表）『薬剤の有無によるリボスイッチの構造変化』, ◯大西庸嵩、古江祐也、白木琢磨、米澤康滋、宮下尚之*, 第31回分子シミュレーション討論会（石川県金沢市）, 2017年11月29日〜12月1日

  29. （国際論文 査読あり）Naoyuki Miyashita and Yasushige Yonezawa*, "On-the-fly analysis of molecular dynamics simulation trajectories of proteins using the Bayesian inference method", The Journal of Chemical Physics 147, 124108, (2017).

  30. （アウトリーチ活動）模擬講義 『ミクロの世界の認知症〜スーパーコンピュータを活用する〜』, 宮下尚之, 近畿大学附属高等学校（大阪府東大阪市）, 2017年9月5日

  31. （アウトリーチ活動）研究室実験室公開 『ナノサイズの生体分子の動きを３DやVRで見よう』, 大西庸嵩、下澤翼、竹友唯、田中良奈、野口翔悟、平野敢太郎、山口知洋、宮下尚之, 近畿大学生物理工学部オープンキャンパス（和歌山県紀の川市）, 2017年8月27日

  32. （アウトリーチ活動）研究室公開 『ナノサイズの生体分子の動きを３DやVRで見よう』, 高橋良太、古江祐也、山口知洋、大西庸嵩、米満茜、宮下尚之, 和歌山県立向陽高等学校SSH生物理工学部見学会（和歌山県紀の川市）, 2017年8月24日

  33. （アウトリーチ活動）体験イベント 生物理工学部の世界『ナノサイズの生体分子の動きを３DやVRで見よう』, 柳野賀緒梨、目佑里恵、竹友唯、田中良奈、野口翔悟、大橋燎、松倉里紗、高橋良太、 宮下尚之, 近畿大学東大阪キャンパス（大阪府東大阪市）, 2017年8月19日

  34. （アウトリーチ活動）近畿大学附属和歌山高等学校 オープンキャンパス内見学会 『スーパーコンピュータを作ろう』, 柳野賀緒梨、目佑里恵、下澤翼、古江祐也、平野敢太郎、宮下尚之, 近畿大学生物理工学部オープンキャンパス (和歌山県紀の川市), 2017年7月30日

  35. （アウトリーチ活動）体験学習 『スーパーコンピュータを作ろう』, 柳野賀緒梨、目佑里恵、下澤翼、古江祐也、平野敢太郎、宮下尚之, 近畿大学生物理工学部オープンキャンパス (紀の川市), 2017年7月30日

  36. （講師）『情報科学とアルゴリズム』, 宮下尚之『きのくに科学オリンピック 科学向上ゼミ2017〜情報〜』(高校生対象), 近畿大学生物理工学部キャンパス（紀の川市）, 2017年7月22日