FY2017-2019 科研費基盤研究(C)の成果

17K00421 分子シミュレーションによるアルツハイマー病初期分子機構への生体膜環境の影響解析

文部科学省: 科学研究費補助金(基盤研究(C))

研究期間: 2017年 - 2019年 代表者: 宮下 尚之

4,550千円 (直接経費 : 3,500千円、間接経費 : 1,050千円)

2019年度 : 780千円 (直接経費 : 600千円、間接経費 : 180千円)

2018年度 : 650千円 (直接経費 : 500千円、間接経費 : 150千円)

2017年度 : 3,120千円 (直接経費 : 2,400千円、間接経費 : 720千円)

Publications

  • (学会発表)β切断酵素の膜貫通部位の構造予測と生体膜中でのダイナミクス』, ○柳野賀緒梨, 高橋良太, 古江祐也, 宮下尚之*, 日本物理学会第74回年次大会、九州大学(福岡市), 2019年3月17日
  • (講演)『近畿大学生物理工学部電算機センターHPCとアルツハイマー病初期過程の分子機構』, 宮下尚之, 第4回 近畿大学 認知症 Core 研究(DoIK)シンポジウムー認知症克服に向けた工学的アプローチ; How Engineering Approaches Fight against Dementiaー, 近畿大学東大阪キャンパス BLOSSOM CAFE 3F ルーム A, 近畿大学(東大阪), 2019年3月2日
  • (招待講演)『アルツハイマー病の初期機構に関わる生体分子の形と動きを分子シミュレーションで見る』, ○宮下尚之, FS-06フォーカストセッション 「計算科学と構造生物学による神経変性疾患克服への挑戦」, CBI学会2018年大会, タワーホール船堀(東京都), 2018年10月9日
  • (特別講義)『スーパーコンピュータは顕微鏡 --アルツハイマー病の分子機構解明に挑む--』, 宮下尚之, 東北大学分子イメージング教育コース特別講義, 東北大学(仙台市), 2018年6月11日
  • (発表)『機械学習を用いたテンプレートベースのタンパク質構造モデリング』◯古江祐也、宮下尚之*, 物理学会第73回年次大会, 東京理科大学野田キャンパス(千葉県野田市), 2018年3月22-25日
  • (発表)『イオンの結合によるリボスイッチSPINACHの分子ダイナミクスへの影響』◯大西庸嵩、古江祐也、宮下尚之*、白木琢磨、米澤康滋, 物理学会第73回年次大会, 東京理科大学野田キャンパス(千葉県野田市), 2018年3月22-25日
  • (研究会オーガナイザー)シンポジウム『HPCシステムを使った生命科学 ― 分子スケールから細胞に向けて ―』第1回近畿大学生物理工学部HPCシンポジウム, (オーガナイザー:宮下尚之, 木村裕一), 近畿大学生物理工学部(紀の川市), 2018年3月13日(サポート:高橋良太, 古江祐也, 大橋燎, 松倉里紗, 山口知洋)
  • (研究会オーガナイザー)セミナー(発表者:松永 康佑[理研AICS,さきがけ]「ストリング法による多剤排出トランスポーターAcrBの機能ダイナミクス解析」), 先端技術総合研究所 高圧力蛋白質研究センターセミナー(第1回), 近畿大学生物理工学部(紀の川市), (オーガナイザー:米澤康滋, 宮下尚之), 2018年1月22日
  • (アウトリーチ活動)推薦合格者入学前ガイダンス「研究室公開」, 大橋燎, 松倉里紗, 山口知洋, 柳野賀緒梨, 宮下尚之 2018年1月21日
  • 研究会オーガナイザーセミナー(発表者:古江祐也(非公開), 原田隆平[筑波大](公開)) 第3回近電セミナー(物理工学談話会協賛、化学生命系セミナー協賛), (オーガナイザー:宮下尚之, 渡辺信一[電通大], 瀧真清[電通大]), 電気通信大学(調布市)2017年12月13日
  • (発表)『薬剤の有無によるリボスイッチの構造変化』, ◯大西庸嵩、古江祐也、白木琢磨、米澤康滋、宮下尚之*, 第31回分子シミュレーション討論会(石川県金沢市), 2017年11月29日〜12月1日
  • (国際論文 査読あり)Naoyuki Miyashita and Yasushige Yonezawa*, "On-the-fly analysis of molecular dynamics simulation trajectories of proteins using the Bayesian inference method", The Journal of Chemical Physics 147, 124108, (2017).
  • (アウトリーチ活動)模擬講義 『ミクロの世界の認知症〜スーパーコンピュータを活用する〜』, 宮下尚之, 近畿大学附属高等学校(大阪府東大阪市), 2017年9月5日
  • (アウトリーチ活動)研究室実験室公開 『ナノサイズの生体分子の動きを3DやVRで見よう』, 大西庸嵩、下澤翼、竹友唯、田中良奈、野口翔悟、平野敢太郎、山口知洋、宮下尚之, 近畿大学生物理工学部オープンキャンパス(和歌山県紀の川市), 2017年8月27日
  • (アウトリーチ活動)研究室公開 『ナノサイズの生体分子の動きを3DやVRで見よう』, 高橋良太、古江祐也、山口知洋、大西庸嵩、米満茜、宮下尚之, 和歌山県立向陽高等学校SSH生物理工学部見学会(和歌山県紀の川市), 2017年8月24日
  • (アウトリーチ活動)体験イベント 生物理工学部の世界『ナノサイズの生体分子の動きを3DやVRで見よう』, 柳野賀緒梨、目佑里恵、竹友唯、田中良奈、野口翔悟、大橋燎、松倉里紗、高橋良太、 宮下尚之, 近畿大学東大阪キャンパス(大阪府東大阪市), 2017年8月19日
  • (アウトリーチ活動)近畿大学附属和歌山高等学校 オープンキャンパス内見学会 『スーパーコンピュータを作ろう』, 柳野賀緒梨、目佑里恵、下澤翼、古江祐也、平野敢太郎、宮下尚之, 近畿大学生物理工学部オープンキャンパス (和歌山県紀の川市), 2017年7月30日
  • (アウトリーチ活動)体験学習 『スーパーコンピュータを作ろう』, 柳野賀緒梨、目佑里恵、下澤翼、古江祐也、平野敢太郎、宮下尚之, 近畿大学生物理工学部オープンキャンパス (紀の川市), 2017年7月30日
  • (講師)『情報科学とアルゴリズム』, 宮下尚之『きのくに科学オリンピック 科学向上ゼミ2017〜情報〜』(高校生対象), 近畿大学生物理工学部キャンパス(紀の川市), 2017年7月22日