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Papers, Talks, and Posters

FY2021

    1. （予定）（国際会議発表）"THE SIMULATION STUDY OF THE DIFFERENCES BETWEEN CRISPR TYPE I-E CAS AND TYPE I-F CAS SYSTEMS AND THE INTERACTION BETWEEN THE GUIDE RNA AND DNA.", Naoyuki Miyashita, Lisa Matsukura, 66th Biophysical Society Annual Meeting, San Francisco, USA, Feb. 19-23, 2022

    2. （予定）(国際学会発表) "Interaction between Amyloid precursor protein and the transmembrane region of beta-secretase and the dynamics", Naoyuki Miyashita, Kaori Yanagino, Lisa Matsukura, Masaki Ottawa, Pacifichem 2021, Honolulu, Hawaii, USA, Dec. 16-21, 2021

    3. （予定）(国際学会発表) "Simulation study of the dynamics of the ligand entrance gate in Monoamine Oxidase B (MAO-B) and PET tracers", Masaki Ottawa, Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita, Ryuichi Harada, Yuichi Kimura, Shozo Furumoto, Pacifichem 2021, Honolulu, Hawaii, USA, Dec. 16-21, 2021

    4. （予定）(国際学会発表) "A simulation study of the HSP90 chaperone cycle and new HSP90 inhibitor", Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita, Pacifichem 2021, Honolulu, Hawaii, USA, Dec. 16-21, 2021

    5. （予定）（学会発表）「粗視化モデル分子動力学シミュレーションを用いたNotchとγ切断酵素の相互作用とその結合機構」,南知香, 宮下尚之, 分子生物学会, パシフィコ横浜（ポスター）, 12/1-12/3, 2021


    7. （予定）（学会発表）「分子動力学を用いた不均衡データ補間とディープラーニングを用いたタンパク質構造変化モーフィング」, 清岡亮太, 松倉里紗, 大多和克紀, 福岡綺羅, 宮下尚之, 第35回分子シミュレーション討論会, オンライン開催（ポスター）, 11/29-12/1, 2021

    8. （予定）（学会発表）「ラフト環境下におけるγ切断酵素とそれによって切断される膜タンパク質の膜貫通部位と脂質分子の相互作用」,南知香, 宮下尚之, 第35回分子シミュレーション討論会, オンライン開催（ポスター）, 11/29-12/1, 2021

    9. （予定）（学会発表）“Development of the Morphing Program for Protein Structural Changes on 3D Reaction Coordinates Using DNN and MD Simulations”, Ryota Kiyooka, Lisa Matsukura, Masaki Ottawa, Kira Fukuoka, Naoyuki Miyashita, 第59回日本生物物理学会, オンライン開催, 11/25-27, 2021

    10. （予定）（学会発表）“HSP70とHSP40の複合体のダイナミクスとHSP70のLidドメインの役割に関するシミュレーション”, Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita, 第59回日本生物物理学会, オンライン開催, 11/25-27, 2021

    11. （予定）（学会発表）“Interaction Between Cholesterol and Substrate Binding Sites of 𝛾-secretase”, Chika Minami, Naoyuki Miyashita, 第59回日本生物物理学会, オンライン開催, 11/25-27, 2021

    12. （学会発表）「タウタンパク線維部分モデルの分子動力学シミュレーションとPET薬剤結合部位」, Masaki Ottawa, Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita, Ryuichi Harada, Yuichi Kimura, Shozo Furumoto, 日本物理学会2021年秋季大会, オンライン開催, 9/20-23, 2021

    13. （学会発表）「分子動力学シミュレーションとディープニューラルネットワークを用いたタンパク質構造変化モーフィングプログラムの開発と応用」, Ryota Kiyooka, Lisa Matsukura, Masaki Ottawa, Naoyuki Miyashita, 日本物理学会2021年秋季大会, オンライン開催, 9/20-23, 2021

    14. （学会発表）「分子動力学シミュレーションを用いたHSP70のopen-close状態の違い」, Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita, 日本物理学会2021年秋季大会, オンライン開催, 9/20-23, 2021

    15. (学会発表）「分子動力学シミュレーションを用いたアルツハイマー病関連タンパク質APP，シグナル伝達タンパク質Notch，γ切断酵素の脂質分子との相互作用機構」,Chika Minami, Lisa Matsukura, Masaki Ottawa, Naoyuki Miyashita, 日本物理学会2021年秋季大会, オンライン開催, 9/20-23, 2021

    16. （学会発表）「ATP結合型と非結合型HSP70のダイナミクスの違い」, Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita, 第15回分子科学討論会, オンライン開催, 9/18-21, 2021

    17. 「粗視化分子動力学シミュレーションを用いたアルツハイマータンパク質APPとγ切断酵素と脂質分子の相互作用」Chika Minami, 生物物理若手の会, 9/9 ,2021

    18. （受賞・国際学会Best Poster Award）"Interaction between PET tracer and the specific residues around the gate of the open form of Monoamine Oxidase B (MAO-B)", Masaki Ottawa, CCP2021

    19. （受賞・国際学会Best Poster Award）“Simulation study of the function of domain swapping in the HSP90 chaperone cycle", Lisa Matsukura, CCP2021

    20. （国際学会発表）"Interaction between PET tracer and the specific residues around the gate of the open form of Monoamine Oxidase B (MAO-B)", Masaki Ottawa, Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita, Ryuichi Harada, Yuichi Kimura, Shozo Furumoto, CCP2021, 8/2-5, 2021

    21. （国際学会発表）“Simulation study of the function of domain swapping in the HSP90 chaperone cycle", Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita, CCP2021, 8/2-5, 2021

    22. （論文・査読あり）"Mutual information analysis of the dynamic correlation between side chains in proteins", Naoyuki Miyashita, Yasushige Yonezawa, The Journal of Chemical Physics 155(4), 044107-044107, 2021年7月28日

    23. （論文・査読あり）"Genome editing in mammalian cells using the CRISPR type I-D nuclease", Keishi Osakabe, Naoki Wada, Emi Murakami, Naoyuki Miyashita, Yuriko Osakabe, Nucleic Acids Research 49(11), 6347-6363, 2021年6月21日

    24. （学会発表）“The stability of HSP90NTD and ch-chaperone p23 by the domain swapping in HSP90 dimer”, Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita, 第21回日本蛋白質科学会年会, オンライン開催, 6/16-18, 2021

    25. (学会発表)「The Prediction of the Structure Changes of ADK along the Reaction Coordinate using Deep Neural Network and Molecular Dynamics Simulations.」, Ryota Kiyooka, Lisa Matsukura, Masaki Ottawa, Naoyuki Miyashita, 第21回日本蛋白質科学会, オンライン開催, 6/16-18, 2021

    26. （学会発表）“The difference between the interaction of lipids and Notch receptor and that of lipids and Amyloid precursor protein.”, Chika Minami, Kaori Yanagino, Lisa Matsukura, Masaki Ottawa, Naoyuki Miyashita, 第21回日本蛋白質科学会, オンライン開催, 6/16-18, 2021

    27. (学会発表)「分子動力学シミュレーションとニューラルネットワークを用いたタンパク質構造変化モーフィング法」, Ryota Kiyooka, Lisa Matsukura, Masaki Ottawa, Naoyuki Miyashita, 日本コンピュータ化学会, オンライン開催, 6/5-6, 2021

    28. （受賞・奨学賞）『HSP90とコシャペロンの分子動力学シミュレーション』, 松倉里紗, 日本コンピュータ化学会

    29. （学会発表）『HSP90とコシャペロンの分子動力学シミュレーション』, 松倉里紗, 宮下尚之, 日本コンピュータ化学会, オンライン開催, 6/5-6, 2021

    30. （学会発表）『粗視化モデルシミュレーションを用いた脂質分子とγ切断酵素との相互作用研究』 , Chika Minami, Kaori Yanagino, Naoyuki Miyashita, 第23回理論化学討論会, オンライン開催, 5/13-15, 2021

    31. （学会発表）『モノアミン酸化酵素B（MAO-B）の薬剤結合部位の動力学とそのPETトレーサーSMBT-1との相互作用』 , 大多和克紀，松倉里紗，宮下尚之，原田龍一，木村裕一，古本祥三, 第23回理論化学討論会, オンライン開催, 5/13-15, 2021

    32. （学会発表）『HSP90の分子動力学シミュレーションとドメインスワッピングの機能』, 松倉里紗, 宮下尚之, 第23回理論化学討論会, オンライン開催, 5/13-15, 2021