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Papers, Talks, and Posters
FY2026
（国内発表・ポスター）”Conformational Changes of Adenylate Kinase Considering Ligand Effects by All-Atom AI Nonlinear Morphing Method: MOVE-DM3.0 ” ,樫山佳広, 平澤理音, 宮下尚之*, 第26回蛋白質科学会,6.17-19(2026), とりぎん文化会館 (鳥取市)
（国内発表・ポスター）”Analysis of the Dynamics and Stability of the Terminal Regions in Double-Filament TMEM106B Fibrils: A Molecular Dynamics Simulation Study ” ,松本七海, 田所良崇, 宮下尚之*, 第26回蛋白質科学会,6.17-19(2026), とりぎん文化会館 (鳥取市)
（国内発表・ポスター）”Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulation for Elucidating the Mechanisms of Plasma Leakage and Albumin Deficiency in ECMO Hollow Fiber Membranes ” ,芝﨑亮汰, 福田誠, 宮下尚之*, 第26回蛋白質科学会,6.17-19(2026), とりぎん文化会館 (鳥取市)
（国内発表・ポスター）”Transformerと機械学習を用いたタンパク質の非線形モーフィングから特徴的な動きをするアミノ酸を特定する時系列解析手法の開発 ” 平澤理音, 樫山佳広, 下河内翔太, 塩田優真, 宮下尚之*, 第26回蛋白質科学会,6.17-19(2026), とりぎん文化会館 (鳥取市)
（国内発表・ポスター）”粗視化モデル分子動力学シミュレーションと機械学習を用いた膜貫通領域の二量体構造提案プロトコルの開発とEGFRの膜貫通領域二量体への応用” 津田晃達, 樫山佳広, 殿垣内尚杜, 宮下尚之*, 第26回蛋白質科学会,6.17-19(2026), とりぎん文化会館 (鳥取市)
（国内発表・ポスター）”Development of Non-uniformly Sampled Time Series Data Augmentation Method, DATA-MCPv2.0, and Its Application to Temporal Proteomics Analysis” 澤井陽史, 塩田優真, 池上春香, 西前大貴, 松岡俊樹, 松本和樹, 宮下尚之*, 第26回蛋白質科学会,6.17-19(2026), とりぎん文化会館 (鳥取市)
（国内発表・口頭）”Dynamic Analysis of Monoamine Oxidase B Dimer Using the Transformer- and Machine Learning-Based MD Trajectory Analysis Method, DeKE-MD2.0 ” ,平澤理音, 鈴川祐生, 樫山佳広, 下河内翔太, 塩田優真, 田所良祟, 大多和克紀, 宮下尚之*, 第81回日本物理学会, 9.14-17(2026), 東京大学駒場キャンパス (東京都)
（国内発表・口頭）”MOVE-DM3.4の開発：リガンドの動きも含めた側鎖と主鎖の主要な動的挙動を捉えるAI非線形モーフィング法の開発とアデニル酸キナーゼのリガンドを含めた構造変化解析への応用” ,樫山佳広, 宮下尚之*, 第81回日本物理学会, 9.14-17(2026), 東京大学駒場キャンパス (東京都)
（国内発表・口頭）”粗視化分子動力学シミュレーションを用いたECMO中空糸膜モデル中のアルブミンおよびLDL/HDLを導入した血漿およびガス分子の動的解析” , 芝﨑亮汰, 福田誠, 宮下尚之*, 第81回日本物理学会, 9.14-17(2026), 東京大学駒場キャンパス (東京都)
（国内発表・ポスター）”全原子モデル分子動力学シミュレーションを用いたモデル３重螺旋コラーゲンの二量体化形成メカニズムの解析”,阿戸菜乃佳, 樫山佳広, 釜野白桃, 三科柾, 永井宏平 , 森本康一 , 宮下尚之*, 第81回日本物理学会, 9.14-17(2026), 東京大学駒場キャンパス (東京都)
（国内発表・ポスター）”AI非線形構造変化モーフィング法(MOVE-DM)と粗視化モデル分子動力学シミュレーションを用いたモノアミン酸化酵素B(MAO-B)の膜貫通部位の構造変化と脂質分布の関係 ”,鈴川祐生, 樫山佳広, 樫山佳広, 田所良祟, 清岡亮太, 大多和克紀, 宮下尚之*, 第81回日本物理学会, 9.14-17(2026), 東京大学駒場キャンパス (東京都)
（国内発表・ポスター）”粗視化モデルMDシミュレーションを用いたα切断酵素＋Tspan15複合体とAPP15-55の結合機構”,福本直矢, 藤本凌, 殿垣内尚杜, 津田晃達, 宮下尚之*, 第81回日本物理学会, 9.14-17(2026), 東京大学駒場キャンパス (東京都)
予定（国際発表・ポスター）”Coarse-Grained Model Molecular Dynamics Simulation of Albumin-Involving Plasma Leakage and O2-CO2 exchange Dynamics in ECMO Hollow Fiber Membranes ” ,芝﨑亮汰, 福田誠, 宮下尚之*, International Conference on Biophysics and Biomedical Sciences (ICBBS2026),11.23-28(2026), BEXCO国際会議場(釜山)
予定（国際発表・ポスター）”AI-Based Non-Linear Morphing for All-Atom Protein-Ligand Conformational Changes: Application to Adenylate Kinase Dynamics ” ,樫山佳広, 平澤理音, 下河内翔太, 清岡亮太, 宮下尚之*, International Conference on Biophysics and Biomedical Sciences (ICBBS2026),11.23-28(2026), BEXCO国際会議場(釜山)
予定（国際発表・ポスター）”Structural Stability of Transmembrane Protein 106B (TMEM106B) Fibrils and Their Interactions with PET Tracers ” ,松本七海, 宮下尚之*, International Conference on Biophysics and Biomedical Sciences (ICBBS2026),11.23-28(2026), BEXCO国際会議場(釜山)
予定（国際発表・ポスター）”Machine-Larning and Transformer-Based MD Trajectory Analysis for Conformational Changes: Application to Adenylate Kinase Open-Close Motions ” ,平澤理音, 樫山佳広, 下河内翔太, 塩田優真, 宮下尚之*, International Conference on Biophysics and Biomedical Sciences (ICBBS2026),11.23-28(2026), BEXCO国際会議場(釜山)
予定（国内発表・ポスター）”AIベースの非線形モーフィング法MOVE-DM3.4を用いたアデニル酸キナーゼのATP結合および構造変化ダイナミクスにおけるMg²⁺による安定化機構” ,樫山佳広, 宮下尚之*, 第40回分子シミュレーション討論会,12.7-9(2026), 九州大学医学部百年講堂（福岡市）
予定（国内発表・ポスター）”全原子MDシミュレーションを用いたα切断酵素＋Tspan15＋APP15-55複合体のダイナミクス” ,福本直矢, 藤本凌, 殿垣内尚杜, 津田晃達, 宮下尚之*, 第40回分子シミュレーション討論会,12.7-9(2026), 九州大学医学部百年講堂（福岡市）
予定（国内発表・ポスター）”Transformerに基づく軌跡解析DeKE-MDを用いた機械学習によるタンパク質構造変化における高速および低速ダイナミクスの検出” ,平澤理音, 樫山佳広, 下河内翔太, 塩田優真, 宮下尚之*, 第40回分子シミュレーション討論会,12.7-9(2026), 九州大学医学部百年講堂（福岡市）
予定（国内発表・ポスター）”モデルコラーゲンの修飾部位の違いが二量体形成ダイナミクスに与える影響”,阿戸菜乃佳, 樫山佳広, 釜野白桃, 永井宏平 , 森本康一 , 宮下尚之*, 第40回分子シミュレーション討論会,12.7-9(2026), 九州大学医学部百年講堂（福岡市）
（国内発表・ポスター）『タイトル』, 著者全員, 学会名, 日付, 場所
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