Activity
Papers, Talks, and Posters
FY2024
（予定）（国際学会・ポスター）"DEVELOPMENT OF A STRUCTURE MORPHING METHOD FOR BIOMOLECULES USING MD SIMULATIONS AND DEEP NEURAL NETWORK", Naoyuki Miyashita, Shota Shimogochi, Yuma Shiota, Yoshihiro Kashiyama, Ryota Kiyooka, 69th Biophysical Society Anual meeting (BPS2025), Feb. 15-19th (2025), Los angels conference center, Los angels, CA (USA)
（予定）（学会発表・ポスター）”機械学習を用いたタンパク質の時系列動力学解析の検討” ,下河内翔太, 塩田優真, 宮下尚之*, 第38回分子シミュレーション討論会,12.2-4(2024), アクリエひめじ (姫路市)
（予定）（学会発表・ポスター）”牛の育成カルテデータから肉質を推定するAIの開発” ,塩田優真, 池上春香, 西前太揮, 宮下尚之*, 松本和也, 第38回分子シミュレーション討論会,12.2-4(2024), アクリエひめじ (姫路市)
（予定）（学会発表・ポスター）”AIとMDシミュレーションを組み合わせたモーフィング手法(MOVE-DM)における構造変化経路探索の改良” ,樫山佳弘, 下河内翔太, 塩田優真, 宮下尚之*, 第38回分子シミュレーション討論会,12.2-4(2024), アクリエひめじ (姫路市)
（予定）（学会発表・ポスター）”体外式膜型人工肺ECMOの中空糸膜中の水と酸素のダイナミクスの単純なモデル膜による検討”, 芝﨑亮汰, 中条貴裕, 福田誠, 宮下尚之*, 第38回分子シミュレーション討論会,12.2-4(2024), アクリエひめじ (姫路市)
（予定）（学会発表・ポスター）”核酸の塩基配列を認識するタンパク質TALEおよびPPRPの核酸からの解離過程” ,田中寿美礼, 塩田優真, 春名竜征, 宮下尚之*,第47回日本分子生物学会年会,11.27-29(2024),福岡国際会議場 マリンメッセ福岡 (福岡市)
（予定）（学会発表・ポスター）”受容体型チロシンキナーゼ（RTK）の膜貫通部位二量体構造の複数の状態の提案” ,殿垣内尚杜, 藤本凌, 下河内翔太, 宮下尚之*,第47回日本分子生物学会年会,11.27-29(2024),福岡国際会議場 マリンメッセ福岡 (福岡市)
（予定）（学会発表・ポスター）”膜貫通部位を含めた α- / β- 切断酵素とAPP116の切断部位との結合メカニズム”, 藤本凌, 齊藤聖奈, 宮下尚之*, 第47回日本分子生物学会年会,11.27-29(2024),福岡国際会議場 マリンメッセ福岡 (福岡市)
（学会発表・ポスター）”WNVエンベロープタンパク質部分モデルと中和ヒトモノクローナル抗体Fab83のダイナミクスと相互作用”, 吉川誠仁, 加藤龍一, 小澤龍彦, 正木秀幸, 宮下尚之*, 第71回日本ウイルス学会学術集会, 11.4-6 (2024), ウインクあいち（名古屋市）
（研究会発表・口頭発表）” MDシミュレーションを用いた中和ヒトモノクローナル抗体のWNVエンベロープタンパク質への結合部位予測”, 吉川誠仁, 加藤龍一, 小澤龍彦, 正木秀幸, 宮下尚之*, 第30回トガ・フラビ・ペスチウイルス研究会, 11.3 (2024), ウインクあいち（名古屋市）
（学会発表・ポスター）”Dynamic Relationship Between the Entrance to the Ligand Binding Site and the Dimer Interface in MAO-B”, Yoshitaka TADOKORO, Shota SHIMOGOCHI, Ryota KIYOOKA, Masaki OTAWA, Naoyuki MIYASHITA*, CBI学会2024年大会, 10/28-31 (2024), タワーホール舟堀（東京）
(学会発表・口頭発表）”MOVEーDMを用いたモーフィングによるタンパク質の構造変化過程の中間状態の予測の試み” ,下河内翔太,原井一陽,清岡亮太, 宮下尚之*,日本物理学会第79回年次大会,9.16-19(2024),北海道大学（札幌市）
（学会発表・口頭発表）”APPとβ切断酵素の結合過程に関する分子動力学シミュレーションを用いた研究” , 藤本 凌, 下河内翔太, 齊藤 聖奈, 柳野賀緒梨, 宮下 尚之*,日本物理学会第79回年次大会,9.16-19(2024),北海道大学（札幌市）
（学会発表・口頭発表）”チロシンキナーゼの膜貫通部位のActive-Inactive間の二量体構造変化過程” , 殿垣内尚杜, 藤本凌, 下河内翔太, 宮下 尚之*,日本物理学会第79回年次大会,9.16-19(2024),北海道大学（札幌市）
（学会発表・ポスター）”DATA-MCP法を用いたBasicMotionsデータセットのデータ増幅とTransformerを用いた時系列データ解析”, 塩田優真, 清岡亮太, 下河内翔太, 宮下 尚之*, 日本物理学会第79回年次大会,9.16-19(2024),北海道大学（札幌市）
（学会発表・ポスター）”CRISPR Type I-Cの粗視化モデルと全原子モデルシミュレーションとMOVE-DMを用いたその主要なダイナミクスの抽出” 春名竜征,下河内翔太, 清岡亮太, 殿垣内尚杜, 宮下 尚之*, 日本物理学会第79回年次大会,9.16-19(2024),北海道大学（札幌市）
（英論文A, 共著）"Characterization of anisotropic pore structure and dense selective layer of capillary membranes for long‑term ECMO by cross‑sectional ion‑milling method", Makoto Fukuda, Kazunori Sadano, Tomoki Maeda, Eri Murata, Naoyuki Miyashita, Tsutomu Tanaka, Tomohiro Mori, Akane Saito, Kiyotaka Sakai, Journal of Artificial Organs, 20 August 2024,
https://doi.org/10.1007/s10047-024-01461-z（国際ワークショップ・口頭発表）"A New Morphing Method Using Molecular Dynamics Simulations and Deep Neural Network to Elucidate Large Conformational Changes in Biomolecules", Naoyuki Miyashita*, International workshop on many body interactions 2024, Aug. 31th (2024), (Chofu Tokyo, Japan)
（国際学会・ポスター）"Molecular Dynamics simulation of the complex of the multiple distinctive structurral regions in the WNV envelope and humanmonoclonal antibody." Masahito Yoshikawa, Hideyuki Masaki, Ryuuichi Kato, Tatsuhiko Ozawa, Naoyuki Miyashita*, 21st IUPAB Congress 2024 (IUPAB2024), June 24th–28th , (2024) , (KYOTO, Japan)
（国際学会・ポスター）"Structure changes in the ABC transporter cycle using nonlinear morphing method, MOVE-DM." Shota Shimogochi, Kazuhi Harai , Ryota Kiyooka, Naoyuki Miyashita*, 21st IUPAB Congress 2024 (IUPAB2024), June 24th–28th , (2024) , (KYOTO, Japan)
（学会発表・ポスター）”全原子モデルMDシミュレーションを用いたβ切断酵素全長とAPP部分モデルとの相互作用” , 藤本凌, 齊藤聖奈, 柳野賀緒梨, 宮下尚之*,第24回蛋白質科学会,6.11-13(2024),札幌コンベンションセンター（札幌市）
（学会発表・ポスター）”粗視化分子動力学シミュレーションを用いた５つの受容体型チロシンキナーゼの二量体化とそれらの構造の比較”,殿垣内尚杜,南知香,宮下尚之*, 第24回蛋白質科学会,6.11-13(2024),札幌コンベンションセンター（札幌市）
（学会発表・ポスター）”DNNによる非線形モーフィング法MOVE-DMを用いたCRISPR Type I-Cの構造揺らぎ解析” , 春名竜征,下河内翔太,清岡亮太,宮下尚之*,第24回蛋白質科学会,6.11-13(2024),札幌コンベンションセンター（札幌市）
（学会発表・ポスター）”分子動力学シミュレーションを用いたゲノム編集タンパク質CRISPR Type I-CとgRNAとの相互作用” , 春名竜征,田中寿美礼,藤本凌,殿垣内尚杜,塩田優真,宮下尚之*,第26回理論化学討論会 , 5.21-23(2024),筑波大学大学会館（つくば市）
