Activity FY2020
Papers, Talks, and Posters
FY2020
（受賞）近畿大学大学院部長賞 受賞 M2 柳野賀緒梨, 3/23/2021
（受賞）近畿大学学部長賞 受賞 B4 3名（入梅望敦, 松本早陽ほか）, 3/23/2021
（学会発表）“The effect of the interaction between HSP90 and co-chaperone by novel HSP90 inhibitor”, Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita, 日本物理学会第76回年次大会(2021年), オンライン開催, 3/12-15, 2021
（学会発表）「生体膜中におけるAPPとα-/β-切断酵素との相互作用機構」, 柳野賀緒梨，大多和克紀，松倉里紗，○宮下尚之，日本物理学会第76回年次大会(2021年), オンライン開催, 3/12-15, 2021
（学会発表）『モノアミン酸化酵素B(MAO-B)の薬剤結合部位のダイナミクスとPETトレーサーの結合』,大多和克紀, 松倉里紗, 宮下尚之, 原田龍一, 木村裕一, 古本祥三, 日本物理学会第76回年次大会(2021年), オンライン開催, 3/12-15, 2021
（学会発表）「Notch受容体の膜貫通部位と脂質分子との相互作用」, ○Chika Minami, Kaori Yanagino，Naoyuki Miyashita，日本物理学会第76回年次大会(2021年), オンライン開催, 3/12-15, 2021
（招待公演）『分子シミュレーションで見るアルツハイマー病初期過程で働く膜タンパク質と脂質分子との相互作用』, ○宮下尚之, 蛋白質研究所セミナー『生体膜上の生物化学 ー解析法の進展から細胞内オルガネラのバイオロジーまでー』, オンライン開催, 3/4-5, 2021
（国際学会発表）『DETAIL DYNAMICS AFTER ATP BINDING IN HSP90 CHAPERONE CYCLE AND THE EFFECT OF NOVEL PEPTIDE DRUG CANDIDATE USING MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS』, ◯Lisa Matsukura，Naoyuki Miyashita*，65th Biophysical Society Annual Meeting BPS2021，オンライン開催，2/22-26，2021
（国際学会発表）『STRUCTURE PREDICTION OF THE TRANSMEMBRANE REGION OF ALPHA- AND BETA- SECRETASES USING REPLICA-EXCHANGE MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS, AND THE INTERACTION BETWEEN AMYLOID PRECURSOR PROTEIN AND THEM』, ◯Kaori Yanagino，Naoyuki Miyashita*，65th Biophysical Society Annual Meeting BPS2021，オンライン開催，2/22-26，2021
（受賞・学生ポスター賞）『MAO-Bのリガンド結合部位の同力学とPET薬剤の結合自由エネルギー』, 大多和克紀, 第34回分子シミュレーション討論会
（学会発表）『α切断酵素とβ切断酵素の膜貫通部位の構造予測とそのダイナミクス』, ◯柳野賀緒梨，宮下尚之*，第34回分子シミュレーション討論会，オンライン開催，12/15，2020
（学会発表）『分子シミュレーションを用いたHSP90機能阻害薬の作用機構の解明』, ◯松倉里紗，宮下尚之*，瀧真清，第34回分子シミュレーション討論会，オンライン開催，12/15，2020
（学会発表）『MAO-Bのリガンド結合部位の同力学とPET薬剤の結合自由エネルギー』, ◯大多和克紀，松倉理紗，宮下尚之，原田龍一，木村裕一，古本祥三，第34回分子シミュレーション討論会，オンライン開催，12/15，2020
（学会発表）『α切断酵素の膜貫通部位の構造予測とAPPの膜貫通部位との相互作用』, ◯柳野賀緒梨，宮下尚之*，第43回日本分子生物学会年会，オンライン開催，12/2-4，2020
（学会発表）『HSP90-NTD二量体におけるドメインスワッピングの機能』, ◯松倉里紗，瀧真清，渡辺信一，宮下尚之*，第43回日本分子生物学会年会，オンライン開催，12/2-4，2020
（学会発表）『MAO-Bとタウ蛋白質の薬剤結合』，◯大多和克紀，松倉里紗，宮下尚之，原田龍一，木村裕一，古本祥三，第43回日本分子生物学会年会，オンライン開催，12/2-4，2020
ラボ特別セミナー 理化学研究所の杉田先生にラボでご講演をしていただきます。『分子動力学を用いた蛋白質の自由エネルギー解析』講師：杉田有治先生（理化学研究所 主任研究員）要旨： 蛋白質の構造安定性や基質・薬剤との結合強度などを評価するためには、生理的条件下での自由エネルギー変化を正しく見積もることが必要である。自由エネルギーは熱力学状態量であり、2つの状態の自由エネルギー差はその経路に依存しない。そのため、化学的に正しい経路（Chemical pathway）だけでなく、化学的にはとりえない経路（Alchemical pathway）を用いることもできる。理研で開発している分子動力学ソフトウェアGENESISには、様々な経路を用いた自由エネルギー計算手法が導入されており、ユーザーはそれぞれの問題に適した手法を使うことができる。また、CHARMM-GUIを用いることで複雑な入力ファイルも簡単に作成できるようになってきた。このセミナーでは自由エネルギー計算法の概念・理論・手法を解説し、蛋白質・基質結合への応用例について紹介する。
（国際論文）『Moderately-rigid and enthalpy-contributed cryptand-like library on bacteriophage T7: Design and selection of strong binder for cancer-related protein (Hsp90)』, Kazuto Mochizuki+, Lisa Matsukura+, Yuji Ito, Naoyuki Miyashita*, and Masumi Taki*, Organic & Biomolecular Chemistry, 19, 146-150, 2021.
（学会発表）招待講演『New Peptide Drug and the Molecular Dynamics Simulations of Target Protein and the New Drug .』, ◯Lisa Matsukura，Naoyuki Miyashita*，Masumi Taki，Shinichi Watanabe, 第58回日本生物物理学会年会, Gメッセ群馬（群馬）, 9/16-18, 2020
（学会発表）『Interaction Between beta-Secretase and APP in The Biological Membrane, and The Structure Prediction of The TM domain of alpha-Secretase. 』, ◯Kaori Yanagino，Naoyuki Miyashita*，第58回日本生物物理学会年会, オンライン開催, 9/16-18, 2020
（学会発表）『The dynamics of dopamine-regulated protein MAO-B in the mitochondrial membrane 』, ◯MasakiOttawa, LisaMatsukura, NaoyukiMiyashita*, RyuichiHarada, YuichiKimura, SyozoFurumoto, 第58回日本生物物理学会年会, オンライン開催, 9/16-18, 2020
（学会発表）『β切断酵素とAPPの膜貫通部位の相互作用インターフェース』, ◯柳野賀緒梨，宮下尚之*，日本物理学会2020年秋季大会，オンライン開催，9/8-11,2020
（学会発表）『生体膜環境下におけるMAO-Bの長時間分子動力学シミュレーションと薬剤結合』，◯大多和克紀，松倉里紗，柳野賀緒梨，宮下尚之*，原田龍一，木村裕一，古本祥三，日本物理学会2020年秋季大会，オンライン開催，9/8-11,2020
（学会発表）『HSP90二量体のシミュレーションと新規薬剤との相互作用１』, ◯松倉里紗，宮下尚之*，瀧真清，渡辺信一，日本物理学会2020年秋季大会，オンライン開催，9/8-11,2020
（学会発表）『Molecular Dynamics Simulation of HSP90 Dimer and Docking Simulation of the Peptide Drug』, ◯Lisa Matsukura，Naoyuki Miyashita*，Masumi Taki，Shinichi Watanabe，タンパク質科学会, SORA札幌コンベンションセンター（北海道）, 7/6-10, 2020
（学会発表）『Structure Prediction of the transmembrane domain of alpha- and beta-secretases and the structural differences』， ◯Kaori Yanagino，Naoyuki Miyashita*，第20回日本蛋白質科学会年会，SORA札幌コンベンションセンター（北海道），7/6-10, 2020
延期・発表日未定（学会発表）『RNA-SPINACHのグアニン4重鎖とカリウムイオンとの相互作用』, ◯松倉里紗，宮下尚之*，白木琢磨，米澤康滋, 第23回理論化学討論会, 石垣市民会館（沖縄）, 5/14-16, 2020
延期・発表日未定（学会発表）『β切断酵素の膜貫通部位の構造とアミロイド前駆体タンパク質（APP）との相互作用』, ◯柳野賀緒梨，宮下尚之*，第23回理論化学討論会，石垣市民会館（沖縄），5/14-16, 2020
延期・発表日未定（学会発表）『MAO-Bの分子動力学シミュレーションとPET薬剤結合』，○大多和克紀，松倉里紗，柳野賀緒梨，宮下尚之*，原田龍一，木村裕一，古本祥三，第23回理論化学討論会，石垣市民会館（沖縄），5/14-16, 2020
（学会発表）『コンピュータシミュレーションを用いたアルツハイマー病の初期分子機構にかかわるβ切断酵素のダイナミクス』, ◯柳野賀緒梨，宮下尚之*，第9回超異分野本大会，WEB開催，4/23,2020