Activity FY2023
Papers, Talks, and Posters
FY2023
（国際学会・ポスター）"AUTOMATED METHOD FOR PROPOSING MUTANT SEQUENCES IN A SMALL DOMAIN USING A PROTEIN STRUCTURE-BASED DEEP NEURAL NETWORK", Naoyuki Miyashita*, and Kazuya Iwano, 68th Annual Meeting of the Biophysical Society, Feb. 10-14, (11), (2024), Pennsylvania Convention Center, Philadelphia, Pennsylvania (USA).
（寄稿）”体外式膜型人工肺の中空糸膜細孔モデルにおけるPP膜とPMP膜の水分子浸透機構の比較”, 中条貴裕, アンサンブル 26.1(2024):114
（寄稿） ”DNN と MD シミュレーションを組み合わせたモーフィング手法のフォールディングなどへの応用 ”,下河内翔太 ,アンサンブル 26.1(2024):113
（受賞・学生優秀発表賞）中条貴裕, ”体外式膜型人工肺の中空糸膜細孔モデルにおけるPP膜とPMP膜の水分子浸透機構の比較”, 第37回分子シミュレーション討論会, 12/4~6 (2023)
（受賞・学生優秀発表賞）下河内翔太 , ”DNN と MD シミュレーションを組み合わせたモーフィング手法のフォールディングなどへの応用 ”, 第37回分子シミュレーション討論会, 12/4~6 (2023)
（学会発表・ポスター）”Deep Neural NetworkとAlphaFold2及びMDシミュレーションを用いたタンパク質の部分配列デザインプロトコルの開発”, 岩野和哉, 中条貴裕, 塩田優真, 宮下尚之*, 第37回分子シミュレーション討論会, 12/4~6 (2023), 福井県県民ホール（福井市）
（学会発表・ポスター） ”DNN と MD シミュレーションを組み合わせたモーフィング手法のフォールディングなどへの応用 ”, 下河内翔太 ,清岡亮太, 宮下尚之*, 第37回分子シミュレーション討論会, 12/4~6 (2023), 福井県県民ホール（福井市）
（学会発表・ポスター）”体外式膜型人工肺の中空糸膜細孔モデルにおけるPP膜とPMP膜の水分子浸透機構の比較”, 中条貴裕, 福田誠, 宮下尚之*, 第37回分子シミュレーション討論会, 12/4~6 (2023), 福井県県民ホール（福井市）
（国際学会発表・シンポジウム・招待講演）"Simulation Study of the Interaction Between the Transmembrane Domain of Amyloid Precursor Protein and the Transmembrane Domains of alpha-, beta- and gamma- Secretases in the Membrane During the Early Stages of Alzheimer’s Disease.", *N. Miyashita*, K. Yanagino, C. Minami, R. Fujimoto, S. Shimogochi, R. Kiyooka, MRM2023 IUMRS-ICA2023, Advanced Material Research Grand Meeting, Dec. 11-16, (2023), (Kyoto, Japan)
（学会発表・ポスター）”体外式膜型人工肺の新規中空糸膜細孔構造モデルにおける水分子と酸素分子の透過シミュレーションの検討”, 中条貴裕, 田所良祟, 福田誠, 宮下尚之*, 第61回日本生物物理学会, 11/14~16 (2023), 名古屋国際会議場（名古屋市）
（学会発表・ポスター）”CGMDシミュレーションを用いたErbB2, FGFR, EGFRの膜貫通部位のそれぞれの二量体化とそれらの構造の比較”, 殿垣内尚杜, 南知香, 宮下尚之*, 第61回日本生物物理学会, 11/14~16 (2023), 名古屋国際会議場（名古屋市）
（学会発表・ポスター）”リガンド結合の有無によるMAO-B二量体のダイナミクスの違い”, 田所良崇, 宮下尚之*, 第61回日本生物物理学会, 11/14~16 (2023), 名古屋国際会議場（名古屋市）
（国際学会・招待講演）” Morphing Method Using the Trajectories of Molecular Dynamics Simulations and Deep Neural Network and the Applications,” Naoyuki Miyashita*, The 6th International Conference on Molecular Simulation (ICMS2023), October 6-9th, (2023), National Taiwan University (Taipei, Taiwan)
（研究会発表・口頭発表）”MDシミュレーションを用いたWNVエンベロープ蛋白質部分モデルと中和ヒトモノクロナール抗体との相互作用に関する研究”, 吉川誠仁, 加藤 龍一, 正木秀幸, 宮下尚之*, 第29回トガ・フラビ・ペスチウイルス研究会, 9/25(2023), 仙台国際センター (仙台市)
（学会発表・ポスター）”体外式膜型人工肺(ECMO)の中空糸膜部分モデルのシミュレーションモデルの検討”, 中条貴裕, 田所良祟, 福田誠, 宮下尚之*, 日本物理学会第78回年次大会, 9/16~19 (2023), 東北大学 (仙台市)
（学会発表・ポスター）”受容体型チロシンキナーゼFGFRの膜貫通部位の二量体化機構とActive/Inactive構造の考察”, 殿垣内尚杜, 南知香, 下河内翔太, 宮下尚之*, 日本物理学会第78回年次大会, 9/16~19 (2023), 東北大学 (仙台市)
（学会発表・ポスター）”タンパク質の薬剤結合部位の入口の大きさの解析法の提案とMAO-Bの薬剤入口への応用”, 田所良崇, 松倉里紗, 大多和克紀, 宮下尚之*, 日本物理学会第78回年次大会, 9/16~19 (2023), 東北大学 (仙台市)
（学会発表・口頭発表）”PDBデータとDeep Neural Networkを用いたタンパク質の一部分の形状からアミノ酸配列を設計する手法の提案”, 岩野和哉, 塩田優真, 宮下尚之*, 日本物理学会第78回年次大会, 9/16~19 (2023), 東北大学 (仙台市)
（学会発表・口頭発表）”α切断酵素とβ切断酵素の全長構造の構造モデリングとそのダイナミクス”, 藤本凌, 齊藤聖奈,中条貴裕, 宮下尚之*, 日本物理学会第78回年次大会, 9/16~19 (2023), 東北大学 (仙台市)
（国際学会発表・ポスター）"Coarse-grained model molecular dynamics simulations of gamma-secretase and APP / Notch system," Naoyuki Miyashita*, and Chika Minami, 34th IUPAP Conference on Computational Physics (CCP2023), August 4th -8th, (2023), (KOBE, Japan)
（国際学会・ポスター）"Morphing method that introduced the time scale and its application to the dynamics of monoamine oxidase B (MAO-B)," Shota Shimogochi, Yoshitaka Tadokoro, Ryota Kiyooka, Naoyuki Miyashita*, 34th IUPAP Conference on Computational Physics (CCP2023), August 4th -8th, (2023), (KOBE, Japan)
（学会発表・ワークショップ・招待講演）"The role of gamma-secretase and cholesterols in the molecular mechanism of A beta peptide production of the early stage of Alzheimer’s disease," 宮下尚之*, 第２３回日本蛋白質科学会年会, 7/5-7 (2023), 名古屋国際会議場（名古屋市）
（学会発表・ポスター）” Development of the new morphing method for the biomolecular structural changes, which considers the reasonable time for the processes.”, 下河内翔太, 清岡亮太, 宮下尚之*,第２３回日本蛋白質科学会年会, 7/5-7 (2023), 名古屋国際会議場（名古屋市）
（学会発表・ポスター）” The structure modeling of the whole sequence of α-secretase in the membrane and the dynamics.”, 藤本凌, 齊藤聖奈, 中条貴裕, 柳野賀緒梨, 宮下尚之*,第２３回日本蛋白質科学会年会, 7/5-7 (2023), 名古屋国際会議場（名古屋市）
（受賞・学生優秀発表賞）中条貴裕, ”体外式膜型人工肺の中空糸膜細孔モデルにおけるPP膜とPMP膜の水分子浸透機構の比較”, 第37回分子シミュレーション討論会, 12/4~6 (2023)