FY2021-2023科研費基盤研究（C)の成果

21K12115   分子シミュレーションを用いたアルツハイマー病におけるAβ産生の起点機構の詳細解明

文部科学省: 科学研究費補助金(基盤研究(C))

研究期間: 2021年 -2023年    代表者: 宮下 尚之

4,290千円 (直接経費 : 3,300千円、間接経費 : 990千円)

2021年度 : 2,210千円 (直接経費 : 1,700千円、間接経費 : 510千円)

2022年度 : 1,170千円 (直接経費 : 900千円、間接経費 : 270千円)

2023年度 : 910千円 (直接経費 : 700千円、間接経費 : 210千円)

1. （国際学会・ポスター）"AUTOMATED METHOD FOR PROPOSING MUTANT SEQUENCES IN A SMALL DOMAIN USING A PROTEIN STRUCTURE-BASED DEEP NEURAL NETWORK",  Naoyuki Miyashita*, and Kazuya Iwano, 68th Annual Meeting of the Biophysical Society, Feb. 10-14, (11), (2024), Pennsylvania Convention Center, Philadelphia, Pennsylvania (USA).

2. （国際学会発表・シンポジウム・招待講演）"Simulation Study of the Interaction Between the Transmembrane Domain of Amyloid Precursor Protein and the Transmembrane Domains of alpha-, beta- and gamma- Secretases in the Membrane During the Early Stages of Alzheimer’s Disease.", *N. Miyashita*, K. Yanagino, C. Minami, R. Fujimoto, S. Shimogochi, R. Kiyooka, MRM2023 IUMRS-ICA2023, Advanced Material Research Grand Meeting, Dec. 11-16, (2023), (Kyoto, Japan)

3. （国際学会・招待講演）” Morphing Method Using the Trajectories of Molecular Dynamics Simulations and Deep Neural Network and the Applications,” Naoyuki Miyashita*, The 6th International Conference on Molecular Simulation (ICMS2023), October 6-9th, (2023), National Taiwan University (Taipei, Taiwan)

4. （学会発表・口頭発表）”α切断酵素とβ切断酵素の全長構造の構造モデリングとそのダイナミクス”, 藤本凌, 齊藤聖奈,中条貴裕, 宮下尚之*, 日本物理学会第78回年次大会, 9/16~19 (2023), 東北大学 (仙台市)

5. （学会発表・ワークショップ・招待講演）"The role of gamma-secretase and cholesterols in the molecular mechanism of A beta peptide production of the early stage of Alzheimer’s disease," 宮下尚之*, 第２３回日本蛋白質科学会年会, 7/5-7 (2023), 名古屋国際会議場（名古屋市）

6. （学会発表・ポスター）” The structure modeling of the whole sequence of α-secretase in the membrane and the dynamics.”, 藤本凌,  齊藤聖奈, 中条貴裕, 柳野賀緒梨, 宮下尚之*,第２３回日本蛋白質科学会年会, 7/5-7 (2023), 名古屋国際会議場（名古屋市）

7. (学会発表・ポスター)「HPCを用いたアルツハイマー病関連タンパク質γ切断酵素とコレステロールとの相互作用」, 南知香, 宮下尚之, 超異分野学会東京大会2023, 九段会館テラスコンファレンス＆バケット（東京）, 3/3-4, 2023

8. (学会発表・ポスター)「γ切断酵素と APP の結合過程におけるコレステロールの役割」,　南知香, 松倉里紗, 宮下尚之, 第36回分子シミュレーション討論会, オンライン,　12/5~12/7, 2022

9. （学会発表・ポスター）「Simulation study of the interaction between lipids and the complex structure of γ-secretase and APP or Notch. 」, Chika Minami, Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita, CBI学会2022年大会, タワーホール船堀, 10/25-27, 2022

10. （学会発表・ポスター）「Coarse-grained model Simulation study of the docking process of  γ-secretase and APP/ Notch」, Chika Minami, Lisa Matsukura, Naoyuki Miyashita, 第60回日本生物物理学会, 函館アリーナ・函館市民会館, 9/28-30, 2022

11. （学会発表・口頭）「アミロイド前駆体タンパク質と Notch 受容体の膜貫通部位とγ-切断酵素との相互作用とコレステロールとの関わり」, 南 知香, 松倉里紗, 宮下尚之，日本物理学会2022年秋季大会，東京工業大学，9/12-15, 2022

12. (国際学会発表) "Interaction between Amyloid precursor protein and the transmembrane region of beta-secretase and the dynamics", Naoyuki Miyashita, Kaori Yanagino, Lisa Matsukura, Masaki Ottawa, Pacifichem 2021, Honolulu, Hawaii, USA, Dec. 16-21, 2021

13. （学会発表）「粗視化モデル分子動力学シミュレーションを用いたNotchとγ切断酵素の相互作用とその結合機構」,南知香, 宮下尚之, 第44回分子生物学会, パシフィコ横浜（ポスター）, 12/1-12/3, 2021

14. （学会発表）「ラフト環境下におけるγ切断酵素とそれによって切断される膜タンパク質の膜貫通部位と脂質分子の相互作用」,南知香, 宮下尚之, 第35回分子シミュレーション討論会, オンライン開催（ポスター）, 11/29-12/1, 2021

15. （学会発表）“Interaction Between Cholesterol and Substrate Binding Sites of 𝛾-secretase”, Chika Minami, Naoyuki Miyashita, 第59回日本生物物理学会, オンライン開催, 11/25-27, 2021

16. （学会発表）「分子動力学シミュレーションを用いたアルツハイマー病関連タンパク質APP，シグナル伝達タンパク質Notch，γ切断酵素の脂質分子との相互作用機構」,Chika Minami,  Lisa Matsukura, Masaki Ottawa, Naoyuki Miyashita, 日本物理学会2021年秋季大会, オンライン開催, 9/20-23, 2021

17. （研究会発表）「粗視化分子動力学シミュレーションを用いたアルツハイマータンパク質APPとγ切断酵素と脂質分子の相互作用」Chika Minami, 生物物理若手の会, 9/9 ,2021

18. （学会発表）“The difference between the interaction of lipids and Notch receptor and that of lipids and Amyloid precursor protein.”, Chika Minami, Kaori Yanagino, Lisa Matsukura, Masaki Ottawa, Naoyuki Miyashita, 第21回日本蛋白質科学会, オンライン開催, 6/16-18, 2021

19. （学会発表）『粗視化モデルシミュレーションを用いた脂質分子とγ切断酵素との相互作用研究』 , Chika Minami, Kaori Yanagino, Naoyuki Miyashita, 第23回理論化学討論会, オンライン開催, 5/13-15, 2021